在完成活件后停機收工時，或者更換訂單時，均要對墨路系統進行清洗，一是防止水墨干結導致網紋輥和版材報廢，二是要徹底清除墨路中的殘墨，以免影響下一張訂單的色彩。
在網紋輥的維護方面，部分用戶備有噴粉清洗機或其他清洗設備，可對網穴進行較大程度的清洗，這種清洗實際上主要是一種物理擊碎過程，可清除不少干結的殘墨，屬于網紋輥的大修。
而網紋輥平時的清洗比大修更為重要，在換單或收工時，均要用水流(或配合適當清洗液)進行較徹底的沖洗，任何時候也不能讓水墨在網紋輥上干結，否則即使有現代化的清洗方式，也不能完全避免網紋輥的報廢或供墨性能受損。
以迪尼頓印刷機為例，它具備有全自動墨路清洗功能，一個清洗周期僅為數分鐘。
根據實際需要，操作者可自行控制清洗的水溫和時間，在清洗之前，電子墨泵可回收墨腔內99.9%以上的水墨，然后是高壓水流對墨腔進行清洗，并自動漂洗。
節能省墨的快速清洗系統，使得紙箱生產中的換單工序變得特別方便、快速、經濟，充分突出了水墨柔印紙箱生產的節能和快速靈活的優勢。


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